ill-identified diary

所属組織の見解などとは一切関係なく小難しい話しかしません

stan

[日記] RStan がクラッシュすると思ったら原因は stan と関係なかった

なんかよく分からなくて曖昧なままだけどとりあえず書いておく. 久々に RStan を使おうとしたら, こんな感じのエラーが大量に表示され, RStudio がクラッシュした. OS は Ubuntu 20.04. ERROR elf_dynamic_array_reader.h:XX] tag not found ERROR elf_dynam…

[R][Stan]マルコフ連鎖モンテカルロ法の実践ガイド2: ランクプロット他

Vehtali et al(2020) で提案されたランクプロットやbulk-ESSに関する解説

[R] [stan] bayesplot を使ったモンテカルロ法の実践ガイド

図1: Monte-Carlo, from Neugebauer (2018) イントロダクション モンテカルロ法とは どこを見て収束を確認するか トレースプロット GR統計量 を確認する. 多重連鎖はいくつ必要か 自己相関関数 (ACF, コレログラム) 有効サンプルサイズ 事後診断ツール bayes…

[R] fb Prophet の解剖で学ぶベイズ時系列モデリング

prophet パッケージを例にベイズ統計モデルについて説明する

[stan][R] RFM分析と階層ベイズ法 (解決編)

前回うまくいかなかった stan を用いたRFM分析の決着編。

[stan] [jags] ggmcmc でMCMCの事後診断

2019/12/15 追記: 現在は ggmcmcよりもbayesplotのほうがおすすめです ill-identified.hatenablog.com概要これまで, stan などのサンプリング結果を R で処理するのが面倒だと思っていたのだが, いまさら ggmcmc パッケージという便利なものに気づいた. rsta…

[STAN] [R] STAN の出力加工方法2 DIC の計算

概要 前回の(R) Stan の出力加工方法 - ill-identified diaryのおまけ的な形で書いた. BUGS には DIC を計算する機能があるらしいが, rstan にはないので書いてみた. Spiegelhalter et al. (2002) で提案された DIC, デビアンス情報量規準はベイズ統計でモデ…

(R) Stan の出力加工方法

概要 忙しくて2ヶ月連続無更新になりそうになっているところをなんとか回避したいという妥協の産物 stan および rstan のモデルの事後診断機能がやや物足りないのでそれを補うヒント 本当に簡単な話 2016/10/07: Accessing the contents of a stanfit object…

[python] [stan] 潜在変数と階層ベイズ法と RFM 分析 [未完成]

RFM 分析を潜在変数と階層ベイズを使って表現する阿部(2011)を stan でできないか挑戦。まだ未完成。

[stan] [R] ベクトル ARIMA (VARIMA) で人口予測 (?)

概要 前回 VARMA の話をしたのに関連して, 単なるテクニカルな話題から, もう少し実用性のある話にしてみた. 都道府県別の人口の時系列データを VARIMA を当てはめてみた. 今月は時間がなかったのであまり大した内容ではない. 5ページ程度. 中途半端. VARMA …

[R] [Stan] で ベクトル ARMA (VARMA) を推定

Stan で VARMA のパラメータを推定するプログラムを用意した. Stan は始めたばかりなのでまだ効率的なコードでないかもしれない.