[日記] RStan がクラッシュすると思ったら原因は stan と関係なかった
この記事は最終更新日から3年以上が経過しています
なんかよく分からなくて曖昧なままだけどとりあえず書いておく. 久々に RStan を使おうとしたら, こんな感じのエラーが大量に表示され, RStudio がクラッシュした. OS は Ubuntu 20.04.
ERROR elf_dynamic_array_reader.h:XX] tag not found ERROR elf_dynamic_array_reader.h:XX] tag not found ERROR elf_dynamic_array_reader.h:XX] tag not found ERROR elf_dynamic_array_reader.h:XX] tag not found ERROR elf_dynamic_array_reader.h:XX] tag not found ERROR elf_dynamic_array_reader.h:XX] tag not found ERROR elf_dynamic_array_reader.h:XX] tag not found ERROR elf_dynamic_array_reader.h:XX] tag not found ERROR directory_reader_posix.cc:XX] opendir: No such file or directory (2) Aborted (core dumped)
C++ のソースに依存しているので RStan の問題かとおもっていろいろ調べていたが, 結局 rstan ではなく依存パッケージの V8 のビルドに失敗してたのが原因のようだ (なので Windows とかバイナリを直接落としてインストールする環境では発生しない?). 果たして V8 を再インストールしたら直った.
これに気づいたのは V8 に依存している ggdag でも同様のエラーが発生していたため.
どうして急にこうなったのかはよくわからない. もう解決してしまったのでやり直す気にもなれないが, もし謎の理由で似たようなエラーが出ていたら, V8::new_context() で同じエラーが出るか試してみてはどうだろうか?
2021/4/23 追記: また rstan で似たようなエラーが出た. どうもこれは rstan などパッケージのビルド時の問題でも, RStudio 側の問題でも起こりうるようで, 原因特定しづらい. 例えば以下のようにいくつか異なる解決法が過去に提案されている. 多くは Ubuntu で起こっている. 正直いい解決法がわからないので目に付いたものを片っ端から挙げておくことしかできない.
グラフィックボードのドライバと RStudio が競合するケース (今は RStudio に対策用オプションが追加されたため可能性は低い?)
一旦クローズしたはずだが原因が分かりづらいため, 何度もくすぶっているスレッド
mac OS のケース
あるいは, とりあえず rstan を再インストール (=再コンパイルする) とかでもわりとなんとかなるかも? 結局よくわからない対症療法っぽいことしかできない...
